ניתן לסווג מערכות בקרה אלקטרוניות לאופנועים בשני סוגים עיקריים בהתבסס על פונקציות הליבה והאובייקטים המבוקרים שלהן: מערכות הזרקת דלק אלקטרוניות (מערכות ניהול דלק) ומערכות בקרה אלקטרוניות עזר (מערכות בקרת רכב).
מערכות הזרקת דלק אלקטרוניות (מערכות ניהול דלק) מערכות הזרקת דלק אלקטרוניות משתמשות ביחידת בקרה אלקטרונית (ECU) בשילוב חיישנים ומזרקים כדי לווסת בצורה חכמה את אספקת הדלק וההצתה של המנוע בזמן אמת. תפקיד הליבה שלהם הוא להחליף את הקרבורטור המסורתי, תוך השגת בקרת יחס דלק אוויר- מדויקת.
בהתבסס על אסטרטגיות בקרה, הן מחולקות בעיקר למערכות לולאה-פתוחה וסגורה-לולאה. מערכות לולאה- פתוחות שולטות בהזרקת דלק על סמך פרמטרי הפעלה מוגדרים מראש והן נפוצות יותר באופנועים מתוצרת מקומית. מערכות לולאה סגורות, לעומת זאת, משתמשות בחיישן חמצן המותקן ברעש הקול כדי לנטר את תכולת החמצן בגז הפליטה בזמן אמת, תוך מתן משוב דינמי והתאמת כמות הזרקת הדלק. הם יכולים להסתגל אוטומטית לשינויים בלחץ אטמוספרי חיצוני, ולמטב עוד יותר את יעילות הבעירה וביצועי הסביבה.
בהתבסס על רצף הפעולה של המזרק, ניתן לחלק אותם להזרקה בו-זמנית, הזרקה קבוצתית והזרקה רציפה. בהזרקה סימולטנית (הזרקה סינכרונית), המזרקים בכל הצילינדרים נפתחים ונסגרים בו זמנית. הזרקה קבוצתית מחלקת את המזרקים לשתי קבוצות המזריקות לסירוגין. הזרקה רציפה מזריקה דלק לפי סדר תנועות היניקה של כל צילינדר במנוע, ומציעה את השליטה המדויקת ביותר.
בהתבסס על מקור הכוח לאספקת דלק, ניתן לחלק את המערכות למערכות עם ובלי משאבות דלק. מערכות עם משאבות דלק משתמשות במשאבת דלק חשמלית במיכל הדלק כדי לספק לחץ, אשר לאחר מכן מיוצב על ידי ווסת לחץ לפני שהוא מועבר למזרקים. מערכות ללא משאבות דלק מסתמכות על כוח המשיכה כדי לאפשר לדלק לזרום באופן טבעי אל המזרקים.